セクシャリティーの構成要素の中で、性自認と性指向は、それぞれ別個の概念として考えられています。同性愛者であっても、多くの場合は、性自認は身体的性別とは一致しています。
例：生物学的に男性であり、自分が男性で→男性が性の対象はゲイ、生物学的に女性で、自分が女→女性が性の対象はレズビアンになります。一方、生物学的に女性であるが、自分が男性であるという性自認→女性が性の対象は、性同一性障害GIDになります。
同性愛者が同性に好かれるために、自分を異性のように見せかけている場合などは、診断に注意する必要があります。
